Jonathan Richard Ellis on sündinud 1. juulil 1946. aastal Londonis, Ühendkuningriigis. 1971. aastal omandas ta Cambridge’i ülikoolis filosoofiadoktori kraadi teoreetilise kõrge energia füüsika alal ja asus teadustööle sama ülikooli King’s College’is. Kauane koostöö Šveitsis Genfi lähedal asuva Euroopa Tuumauuringute Keskusega (CERN) sai alguse 1970. aastal külalisteadlasena ning jätkus 1973. aastal koosseisulise teaduri ja 1974−2011 teooria osakonna (TH) liikmena. Neil aastail töötas ta CERN-is ka mitmel vastutusrikkal administratiivsel ametikohal: 1979−1982, 1984−1987 TH asejuhataja, 1988−1994 TH juhataja, 1999−2011 peadirektori nõustaja suhetes mitteliikmesriikidega. Alates 2010. aastast on ta Londoni ülikooli King’s College’i teoreetilise füüsika professor.
Jonathan Ellis on oma põlvkonna silmapaistvaimaid teadlasi teoreetilises füüsikas, tuntuim osakeste füüsika fenomenoloogia uurija maailmas. Tema peamiste uurimisvaldkondade hulka kuuluvad ka astrofüüsika, kosmoloogia ja kvantgravitatsioon. Ta on märkimisväärselt panustanud Higgsi bosoni ja supersümmeetria uuringutesse. Ligikaudu 1000 teaduspublikatsiooni autorina on ta viidatavuselt olnud ülikõrgel teisel kohal maailmas. Ta on külalisteadlase või -professorina töötanud paljudes ülikoolides ja uurimislaborites nii kodu- kui ka välismaal (sh Stanfordis, Berkeleys, Melbourne’is, Viinis ning Londoni ülikooli mitmes kolledžis).
Professor Ellise side Eesti teadusega on toiminud kahel moel: esiteks läbi teadusliku koostöö Eesti teadlastega ja teiseks tänu tema rollile CERN-i peadirektori nõustajana, kus tema koordineerida olid CERN-i suhted mitteliikmesriikidega, st ka Eestiga (alates veebruarist 2021 on ka Eesti CERN-i assotsieerunud liige).
Jonathan Ellis on Londoni kuningliku ühingu ja füüsika instituudi (IoP) liige, mitme ülikooli (Southamptoni, Uppsala, Bitola, Kaplinna) ja Ukraina teaduste akadeemia audoktor ning Londoni ja Cambridge’i King’s College’i auliige. IoP on teda tunnustanud Maxwelli medali (1982) ja Paul Dirac’I auhinnaga (2005). 2020. aastal valis IoP ta oma auliikmeks.
2015. aastal valis Eesti teaduste akadeemia Jonathan Ellise oma välisliikmeks teoreetilise füüsika alal.